1950年 国鉄スワローズとして発足。当初は全国の鉄道管理局野球部員が中心での選手構成。 　　　　　　　
最下位常連の弱小チームの中で、後の４００勝投手、金田正一投手の孤軍奮闘の状態が長く続く。 　　　　　　　

1965年に国鉄からサンケイへ、1970年にはサンケイから現在のヤクルトへ経営権が譲渡され、現在に至る。
　　　　　　　 　　　　　　　
万年Bクラス入りがやっとの成績が続く中、1978年に広岡達郎監督のもと、若松勉、大杉勝男、チャーリー・マニエル、 投手では松岡弘、安田猛、鈴木康二朗らが活躍しリーグ優勝。日本シリーズでも阪急を破って日本一となった。

1990年には、野村勝也監督により、1987年からの関根潤三監督時代に育った若手選手が開花。 1992年、1993年と連覇を達成し、1993年には二度目の日本一となった。 その後、1995年、1997年、2001年にも日本一の座に輝いている。